2004年，市政府对科技类资金进行了第一轮整合，明确了资金管理模式，解决了政府资金使用合法性问题，资金管理更加规范。本次配套政策的出台，将对政府科技类资金进行新一轮整合，着重解决资金使用合理性的问题，实现政府资金使用绩效最大化的目标。
新一轮整合将针对目前资金管理中存在的问题，建立更加适应自主创新的政府科技资金管理机制。具体有如下四个特点：
第一，打破部门利益分割，树立全市一盘棋思想。全市7个支持高新技术产业和传统产业发展的专项资金，按功能归并为科技创新和技术进步资金，再根据创新链需求适当分工。科技研发资金主要支持基础研究与应用基础研究，技术开发，成果转化与产业化，科技创新公共支撑平台与环境建设等。技术进步资金主要用于鼓励企业技术改造，支持以高新技术改造传统产业为重点的公共技术平台建设等。民营及中小企业专项资金主要用于优化民营及中小企业创新发展环境等。知识产权专项资金主要用于支持国内外发明专利申请、知识产权应急预警平台建设等。高技术产业化示范工程资金主要用于为列入国家高技术产业发展计划项目提供配套，支持产业化基地建设。高新技术重大项目专项资金主要用于引进产业关联度高的重大项目。高新技术产业专项补助资金主要用于兑现市政府出台的部分优惠政策。整合后，科技创新与技术进步资金年度结余将整体结转，统筹使用，形成资金使用合力。
第二，打破各自为政的局面，建立总体规划与协调机制。科技创新与技术进步资金支持的创新支撑平台与环境建设项目、研发机构建设项目、产业紧缺人才培训项目等，要进行全市总体规划与布局，合理调配资金投向重点，使政府资金资源向自主创新倾斜，形成协调一致的政府资金激励机制。
第三，打破重投入轻绩效的旧有管理理念，建立资金使用绩效评价制度。资金使用绩效评价分为项目绩效自评价与绩效检查评价两个层次。业务主管部门要建立项目绩效自评价制度，开展项目绩效自评价工作，并出具项目绩效自评价报告。市财政部门要建立绩效检查评价制度，在业务主管部门项目绩效自评价基础上，开展资金使用合规性、经济性、效率性和效益性核查。加强对企事业单位使用财政资金行为和业务主管部门运用财政资金行为的监督，资金使用绩效评价结果在一定范围内公布。
第四，打破旧有资金管理模式，创新资金配置方式。科技创新与技术进步资金实行企业（个人）申请、专家（中介）评审、社会公示、政府决策管理模式。
财政部门从资金日常分配管理中退出，负责资金管理办法制定与年度资金预算安排，组织开展资金使用绩效检查评价工作。各业务主管部门按资金管理规定组织实施资金项目日常管理和绩效自评价工作。
探索业务主管部门从具体项目管理中退出的方式。一是政府对企业研发活动的资助方式采用报销制，即根据符合条件的企业研发投入实际情况与金额，确定资助金额，取消按项目申报资助方式。二是科技计划推行委托管理模式，通过中介机构、基金管理公司或非盈利机构管理具体项目，使政府管理部门逐步成为科技资金资源配置方式的制定者、配置过程的监督者和绩效评价者。