为贯彻落实市委市政府《关于实施自主创新战略建设国家创新型城市的决定》，市科技和信息局制定了《关于鼓励自主创新活动的配套政策》，共26条，要点是开展自主创新型企业和科研机构认定工作、加大对自主创新活动和公共研发平台的支持、鼓励战略创新产业发展、培育多层次资本市场、改革创新科技管理模式等。
《关于鼓励自主创新活动的配套政策》提出了当前科技管理部门改革创新科技管理工作的多项举措，科技政策和科技管理工作将发生新的变化。解读的重点，一是自主创新型企业和科研机构的认定；二是科技计划管理和市科技研发资金管理将进行新一轮的改革；三是科技评价、科技奖励制度的改革。
【认定自主创新型企业和科研机构】
市科技和信息局已经完成了《深圳市自主创新型企业认定办法》、《深圳市自主创新型科研机构认定办法》的起草工作。目前，两个《认定办法》正在征求有关部门的意见，修改后将提交市政府审议。有关操作细则也已在起草之中。
《深圳市自主创新型企业认定办法》规定了自主创新型企业的认定条件、认定程序和认定管理，主要内容：
1、认定条件。按照企业技术创新活动设立若干指标，按不同权重进行评分，认定自主创新型企业。在深圳市工商行政管理局注册的工业企业可申请认定为自主创新型企业。企业在原始创新、集成创新、引进消化吸收再创新等领域取得的成果，作为认定自主创新型企业的主要依据。目前，自主创新型企业的认定指标正在征求意见和测算。
2、认定程序。深圳市自主创新型企业按照统一标准、分类受理、部门初审、联合审定、政府发证的程序进行认定。分类受理是指申请深圳市自主创新型企业认定的科技型企业，向市科技和信息局提交申请材料；申请深圳市自主创新型企业认定的其他工业企业，向市贸易工业局提交申请材料。其中，深圳市高新技术企业可以申请核定为深圳市自主创新型企业。
3、认定管理。对深圳市自主创新型企业实行年度审核制度。
《深圳市自主创新型科研机构认定办法》与《深圳市自主创新型企业认定办法》大致相同，只是认定条件与企业不同，是按照研究成果、技术辐射、成果转化等科研活动设立考核指标，实行年度评估制度。
【科技计划管理的改革创新】
科技计划管理根据自主创新各个环节和不同主体的需求实行分类。即将发布的《2006年深圳市科技计划申请指南》将深圳市科技计划项目分为以下11类：
·非共识项目计划；
·社会发展科技计划；
·研究开发经费补助计划（企业研发投入资助、技术标准资助、国家/省项目配套资助、CMM认证补助）；
·创业投资配套计划；
·留学人员创业资助计划；
·创新型企业成长路线图计划；
·科技贷款贴息计划；
·委托无息借款计划；
·科技创新支撑平台计划（市重点实验室、研究开发中心（工程技术中心类）、公共技术服务平台、科技企业孵化器）；
·深港创新圈计划；
·软科学研究计划。
各相关单位和个人可根据自身需要按要求选择上述类别进行申请。
【市科技研发资金管理的改革创新】
2004年，市科技研发资金管理进行了第一次整合和改革，实行专家评审与主管部门现场考察并行的双重评审制度，有效解决了资金配置的公平性问题和合法性问题。经过两年的实践，一些新的问题又逐渐突现出来，主要是：企业自拟课题自由申报，项目难以进行充分的比较论证和评估，不能充分反映企业研发的真实情况，立项过程和结果不能反映政策导向，影响资金使用效率；申报项目的数量和类别逐年增多，现有行政资源在人力、物力和时间上难以保证进行科学合理的考察评估，同时导致政府部门宏观管理职能弱化；专家评审主要依据书面材料，难以深入而合理地评价企业项目。
市科技和信息局会同市财政局制定了《深圳市科技研发资金管理改革方案》，对科技计划管理和科技研发资金管理进行新一轮的改革。基本思路是：
市科技研发资金紧紧围绕自主创新的各个环节进行配置，按照源技术研究、应用研究与开发、技术扩散与产业化创新链的传递关系，确定需要资助的类别与强度，让高等院校、科研院所、企业、创投机构等不同创新主体的市场行为作为一个客观要素参与科技研发资金配置，匹配资金由“事先申请”改为“事后报销”，使市场机制在科技资源配置上真正发挥基础性作用。
为保证资金使用效率，真正做到公正、透明、合法、有效，完善前期审核程序和后期监管程序，制定科技中介服务机构管理、考核、培育、发展的相关办法，建立科技专家资信评估体系和保密回避制度，确立投融资配套计划实施后的权益主体。
【改革科技评价、科技奖励制度】
为了鼓励全社会的创新行为，鼓励基于市场的创新型人才和组织，《深圳市科学技术奖励办法》将进行修改。修改的主要内容是：在保留原有传统政府科技奖励的基础上，新设立围绕自主创新的奖励项目给企业、企业家、研发机构、领军人才等，新设立围绕自主创新服务体系的奖励项目给创业投资公司、中介机构、担保公司等，目标是逐步扩大民间奖励范围，降低政府奖励份额，鼓励建立政府资金引导的、专业化、民间化的社会奖励体系。
科技评价制度改革将发挥科技专家和中介服务机构的作用。采取单位申请、专家评审或中介服务机构评审与核定、社会公示、政府决策的管理模式。让公务员从微观层面的具体项目考察评估中解脱出来，将更多精力放在中观层面的产业行业分析与宏观层面的战略规划决策工作上。在国内率先建立起一套适合创新型城市发展的科技评价体制。
【创新链与技术平台】
深圳的自主创新活动已经形成具有传递与扩散关系的创新链。创新链各环节按上中下游分解如下：
上游是源技术研究，包括民间自由创新项目和创新性“非共识”项目，高等院校和科研院所的应用基础研究和应用研究。这些研究可以引领科技和产业方向，提升深圳科技水平，增强企业持续发展后劲。
中游是应用研究与技术开发，主体是深圳众多的科技企业，高等院校和科研院所有适度介入。依托这些自主创新的企业主体，深圳才能将创新优势转化为经济价值。
下游是技术扩散与产业化，由各种创业活动、产业化过程等构成，如创业投资活动、创新型企业上市培育、高新技术产业化融资行为等，是科技创新与经济的紧密结合。
为创新链各环节快速发展和良性传递提供有效支撑的是创新支撑平台与创新环境。创新支撑平台由重点实验室、各级研发中心、技术服务平台、孵化器等构成。创新环境建设则包含软科学咨询决策研究、学术会议交流等科技活动、软件企业CMM认证、深港创新圈等。
